Основой формирующихся вооруженных сил Израиля стала Хагана, название которой вошло в состав официального названия армии. На командные посты в Армии обороны Израиля также были назначены командиры этой организации. Численность Хаганы достигла к тому времени сорока пяти тысяч человек, три тысячи из которых состояли в ударных ротах (на иврите: Плугот махац, акроним – ПАЛЬМАХ). После образования государства и создания временного правительства во главе с Давидом Бен-Гурионом, командир ЭЦЕЛя Менахем Бегин объявил, что Национальная военная организация выходит из подполья. В своей речи, обращенной к нации, он сказал: "В государстве Израиль мы будем солдатами и строителями. Его законам мы будем повиноваться, так как это – наши законы, и его правительство мы будем уважать, так как это – наше правительство". 1 июня 1948 года Исраэль Галили от имени правительства и Менахем Бегин от имени ЭЦЕЛя подписали соглашение о вступлении бойцов ЭЦЕЛя в Армию обороны Израиля. Из них были сформированы два батальона: 35-й батальон под командованием Элияѓу Каца в составе бригады "Александрони" и 57-й батальон под командованием Эйтана Ливни в составе бригады "Гивъати". Были также бойцы ЭЦЕЛя, которые мобилизовались в армию не в рамках отдельных подразделений; всего в ЦАХАЛ вступили около 7000 бойцов Национальной военной организации. В Иерусалиме, который не был включен в состав государства Израиль, ЭЦЕЛь продолжал действовать самостоятельно, сотрудничая с Хаганой. Бойцы ЭЦЕЛя в Иерусалиме участвовали в героической обороне Рамат-Рахель и еврейского квартала в Старом городе, который не удалось отстоять. Интересно упомянуть об отношении Бен-Гуриона к бойцам ЭЦЕЛя, вступившим в ЦАХАЛ, в первые дни после образования государства. После того, как одиннадцать бойцов ЭЦЕЛя погибли в бою с иракскими войсками под Рош а-Аином, Бен-Гурион написал в своем дневнике: "Люди ЭЦЕЛя сразу бежали и оставили 20 винтовок, 3-4 пулемета…". А после того, как в другом тяжелом бою погибли двенадцать бойцов ЭЦЕЛя, Бен-Гурион написал в дневнике: "Был там ЭЦЕЛь, и он бежал".   ...