Основой формирующихся вооруженных сил Израиля стала Хагана, название которой вошло в состав официального названия армии. На командные посты в Армии обороны Израиля также были назначены командиры этой организации. Численность Хаганы достигла к тому времени сорока пяти тысяч человек, три тысячи из которых состояли в ударных ротах (на иврите: Плугот махац, акроним – ПАЛЬМАХ).
После образования государства и создания временного правительства во главе с Давидом Бен-Гурионом, командир ЭЦЕЛя Менахем Бегин объявил, что Национальная военная организация выходит из подполья. В своей речи, обращенной к нации, он сказал: "В государстве Израиль мы будем солдатами и строителями. Его законам мы будем повиноваться, так как это – наши законы, и его правительство мы будем уважать, так как это – наше правительство". 1 июня 1948 года Исраэль Галили от имени правительства и Менахем Бегин от имени ЭЦЕЛя подписали соглашение о вступлении бойцов ЭЦЕЛя в Армию обороны Израиля. Из них были сформированы два батальона: 35-й батальон под командованием Элияѓу Каца в составе бригады "Александрони" и 57-й батальон под командованием Эйтана Ливни в составе бригады "Гивъати". Были также бойцы ЭЦЕЛя, которые мобилизовались в армию не в рамках отдельных подразделений; всего в ЦАХАЛ вступили около 7000 бойцов Национальной военной организации. В Иерусалиме, который не был включен в состав государства Израиль, ЭЦЕЛь продолжал действовать самостоятельно, сотрудничая с Хаганой. Бойцы ЭЦЕЛя в Иерусалиме участвовали в героической обороне Рамат-Рахель и еврейского квартала в Старом городе, который не удалось отстоять.
Интересно упомянуть об отношении Бен-Гуриона к бойцам ЭЦЕЛя, вступившим в ЦАХАЛ, в первые дни после образования государства. После того, как одиннадцать бойцов ЭЦЕЛя погибли в бою с иракскими войсками под Рош а-Аином, Бен-Гурион написал в своем дневнике: "Люди ЭЦЕЛя сразу бежали и оставили 20 винтовок, 3-4 пулемета…". А после того, как в другом тяжелом бою погибли двенадцать бойцов ЭЦЕЛя, Бен-Гурион написал в дневнике: "Был там ЭЦЕЛь, и он бежал".
Центр организации ЛЕХИ, в который входили Натан Елин-Мор (Фридман), Ицхак Шамир (Езерницкий) и Исраэль Эльдад (Шайб), также принял решение о присоединении бойцов своей организации к армии, после переговоров, которые Елин-Мор и Эльдад вели с Исраэлем Галили и Леви Эшколем. 29 мая 1948 года все бойцы ЛЕХИ были впервые собраны вместе после выхода из глубокого подполья. По свидетельству д-ра Исраэля Эльдада, одного из трех руководителей ЛЕХИ, из сотен бойцов он лично знал, может быть, пятьдесят или шестьдесят человек. Эльдад обратился к стоящим в строю бойцам со словами, посвященными памяти основателя организации Авраама Штерна (Яира), убитого англичанами в 1942 году, и других погибших бойцов: "Помни Яира, который создал нас своим ясным пониманием, который отлил нас из стали своей души, который породил нас своей святой кровью. Помни Яира. И помни всех его учеников-бойцов, которые отдали свою кровь за свободу Родины, которые освятили свои тела для голода, пыток, пуль, эшафотов… Их кровь льется в нашей крови. Их жизнь, героизм и смерть – это огонь, который горит в нас. Этот огонь сожжет врагов. Этот огонь будет гореть в сердце Третьего Храма, в сердце свободного Иерусалима, в сердце Царства Израиля. Это – огонь Яира. Это огонь всех Борцов за свободу Израиля, которые пролили и которые проливают свою кровь в святой войне". После этого бойцы ЛЕХИ были мобилизованы в ЦАХАЛ. Большинство из них мобилизовались вместе, но были и такие, кто мобилизовался индивидуально; всего в армию вступило более тысячи бойцов ЛЕХИ. Большинство из них вступили вместе в 8-ю бронетанковую бригаду под командованием Ицхака Саде. Оперативный командир ЛЕХИ, Яаков Банай (Мазаль), стал офицером в штабе бригады. В 89-ом ударном батальоне под командованием Моше Даяна была рота бывших бойцов ЛЕХИ, которой командовал легендарный боец организации, Яаков Гранек, известный по своему подпольному прозвищу Дов. Были бойцы ЛЕХИ и в 82-ом бронетанковом батальоне, также входящем в состав 8-ой бригады.
В Иерусалиме бойцы ЛЕХИ продолжали действовать самостоятельно под командованием Йеѓошуа Зетлера (подпольное прозвище: Меир). Его бойцы освободили от арабов иерусалимские кварталы Ромема, Лифта и Шейх-Бадер. 14 мая отряд ЛЕХИ пытался прорваться в Старый город, но, не получив помощи от Хаганы, был вынужден отступить.
Вступив в армию, бывшие бойцы ЭЦЕЛя и ЛЕХИ бок о бок сражались вместе с теми, кто был раньше в Хагане и ПАЛЬМАХе. Но, буквально в первые месяцы после создания единой армии, произошли события, поставившие это единство под сомнение. 20 июня, в период действия первого перемирия в Войне за Независимость, снаряженный ЭЦЕЛем корабль "Альталена" прибыл к берегам Израиля с большим количеством оружия и боеприпасов на борту и примерно с 800 репатриантами. Командование ЭЦЕЛя заблаговременно оповестило о прибытии корабля временное правительство Израиля. Бегин просил, чтобы 20 % оружия было передано отряду ЭЦЕЛя в Иерусалиме, и Бен-Гурион дал на это свое согласие. Второй просьбой Бегина была передача остального оружия батальонам ЭЦЕЛя в составе армии. Правительство не согласилось с этим, видя в такой просьбе желание усилить "армию внутри армии". Когда "Альталена" прибыла в Кфар-Виткин, Бен-Гурион сказал на заседании правительства: "Мы должны решить: передать ли власть в руки Бегину или сказать ему, чтобы он прекратил свою отдельную деятельность. А если не прекратит – мы будем стрелять!"
Мы не будем здесь подробно описывать все развитие событий, связанных с "Альталеной", и рекомендуем читателю подробно ознакомиться с этим в книге историка Ури Мильштейна "Рабин: рождение мифа". Упомянем кровавый итог этих событий: после того, как корабль "Альталена" прибыл к берегу Тель-Авива, по приказу Бен-Гуриона он был обстрелян, взорван и затоплен. Всего погибли 16 людей ЭЦЕЛя и три солдата ЦАХАЛя. В тот вечер Бегин выступил по радиостанции своей организации с призывом не открывать огня и плакал в эфире. 24 июня командование ЭЦЕЛя приняло ряд решений, среди которых были такие: "Солдаты Национальной военной организации больше не признают временное невыбранное правительство Государства Израиль и требуют – вместе с массами народа – его немедленной отставки и предания суду народа". "Этим отменяется указание, которое было дано солдатам ЭЦЕЛя – мобилизоваться в Армию обороны Израиля и дать клятву верности временному правительству". Однако вскоре Бегин сказал Шмуэлю Кацу, одному из командиров ЭЦЕЛя: "Мы создадим политическую партию. А пока что мы должны влиять на наших людей, чтобы они вступали в армию. Сейчас ведь это наша армия не меньше, чем Бен-Гуриона". Тем временем по указанию властей были арестованы десятки командиров ЭЦЕЛя. 57-й батальон в составе бригады "Гивати" был расформирован, а в 35-ом батальоне командир и его заместитель были переведены в другую часть.
На следующий день после убийства евреев на "Альталене" д-р Исраэль Эльдад встретился с Бегиным и предложил ему собрать людей ЭЦЕЛя и ЛЕХИ и сосредоточиться на освобождении Иерусалима. По словам Эльдада, вначале Бегин отнесся к этому предложению серьезно, но затем, еще во время их разговора, начал сомневаться, и в конце это предложение оказалось неактуальным.
Среди армейских подразделений, которые действовали против "Альталены" и ЭЦЕЛя, были и солдаты из 89-го и 82-го батальонов, люди ПАЛЬМАХа. У служивших в этих же батальонах бывших бойцов ЛЕХИ было собрано оружие, и склады с оружием были закрыты. Яаков Банай и Яаков Гранек прибыли на встречу с тремя членами Центра ЛЕХИ. На этой встрече д-р Исраэль Эльдад предложил, чтобы люди ЛЕХИ оставили базы и со своим оружием прибыли в Иерусалим, чтобы воевать за полное освобождение города. Но эта идея также не была воплощена в жизнь.
Отметим, что заместитель командира роты в 89-ом батальоне, боец ЛЕХИ Дов Берман (Узи) и с ним еще три бойца оставили после убийства евреев на "Альталене" армию и прибыли в Иерусалим, чтобы воевать за освобождение города. Узи погиб вместе с четырьмя бойцами при взятии Бейт-Мазмиль, в юго-западней части Иерусалима.
17 июля, за несколько часов до начала второго перемирия, иерусалимские бойцы Хаганы, ЭЦЕЛя и ЛЕХИ попытались прорваться в Старый Город и освободить его. Бойцам ЭЦЕЛя удалось прорваться через Новые ворота, но они были вынуждены отступить, не получив поддержки. Давид Шалтиэль, командир Хаганы в Иерусалиме, координировавший действия всех боевых организаций, дал указание прекратить огонь в соответствии с приказом Бен-Гуриона и генерального штаба, так как к тому времени уже вступило в действие второе перемирие. Старый город, важнейшую часть Иерусалима, удалось освободить только через девятнадцать лет…
17 сентября бойцы ЛЕХИ убили в Иерусалиме посредника ООН Фольке Бернадота, который вел активную дипломатическую деятельность с целью свести на нет достижения Израиля в войне и требовал передать Иерусалим арабам или сделать его международной зоной, а также отдать арабам весь Негев и вернуть арабских беженцев. Бен-Гурион воспользовался этим, чтобы прекратить самостоятельную деятельность ЭЦЕЛя и ЛЕХИ в Иерусалиме. Базы ЛЕХИ в городе были захвачены, и около ста бойцов – арестованы. А ЭЦЕЛь принял ультиматум правительств и распустил свой иерусалимский батальон.
Исраэль Эльдад считал, что освобождение Иерусалима было первоочередной задачей, и что следовало бы изначально сфокусировать все усилия именно на этом. В книге своих воспоминаний "Первое десятилетие" он так подвел итог событиям того периода: «Мы сидели с Леви Школьником (прежняя фамилия Леви Эшколя – И. С.) и с Исраэлем Галили, и с Ицхаком Саде, и говорили о деталях "прекращения раскольничества" посредством вступления "борцов за свободу Израиля" в Армию Израиля. А Меир (Йеѓошуа Зетлер, командир ЛЕХИ в Иерусалиме – И.С.) кричал: "Пошлите в Иерусалим Дова (Яакова Гранека – И.С.) и его людей, пошлите еще несколько пулеметов "Брен"… Мы могли бы завоевать Храмовую гору и дойти до Шхема…»
